Apodado la Excelencia chica debido a su escasa estatura, en contraste con la gran talla del canciller Otto von Bismarck (la Excelencia grande), destacó por haber combatido con éxito la política anticatólica del Kulturkampf promovido por Bismarck.

[2]​ Elegido en 1849 diputado para la segunda cámara hannoveriana, se declaró categóricamente particularista y ministerial.

Combatió todas las medidas apropiadas a favorecer el desarrollo interior y la cohesión del Imperio; votó contra la prolongación de la dictadura en Alsacia-Lorena, contra el establecimiento del matrimonio civil obligatorio y contra todas las medidas que caracterizaban la política del canciller Otto von Bismarck.

Durante el período del Kulturkampf, Bismarck halló siempre frente a sí a Windthorst, que destacó por su elocuente oratoria, y provocó con sus impugnaciones y contradicciones la ira del Canciller de Hierro.

[2]​ Cuando Bismarck presentó al Reichstag la legislación que había elaborado contra los socialistas en 1878 tras el atentado de Bad Kissingen, Windthorst hizo una oposición encarnizada al proyecto y declaró en nombre de su partido que si se quería combatir al socialismo era preciso comenzar por borrar la noción de la omnipotencia del Estado, afirmando al respecto:[2]​ El 31 de marzo de 1879 Windthorst realizó una visita a Bismarck que fue muy comentada, y desde aquella época el canciller comenzó a modificar su plan político, amainando la bandera del Kulturkampf contra los católicos.

[2]​ Por último, se declaró francamente contra la política del Cartel, aunque el Emperador se había declarado favorable a la misma, y fue reelegido en las elecciones de 1890, que fueron para el Cartel un verdadero desastre.

[6]​ Para los católicos contrarios a la hipótesis, la política de Windthorst sería la del Do ut des, considerando inusitado que un católico pudiese llegar a ser ministro en un Estado protestante y un gabinete presidido por Caprivi.

[6]​ El diario integrista El Siglo Futuro replicaría afirmando que no se oponían a la teoría de la hipótesis, que consideraban aplicable en la protestante Alemania, pero no en la católica España, donde solo la tesis católica tenía raíces y base estable, y donde lo que se pretendía no era «cristianizar a una sociedad hereje», sino «imponer el liberalismo a un pueblo católico» para secularizarlo.