Dos años más tarde fue hecho general en la Segunda Guerra Anglo-Bóer, asumiento el liderazgo de todas las fuerzas bóer en 1900 y luchando con impresionante capacidad en Colenso y Spion kop.

En 1911, junto con otro héroe guerrero bóer, Jan Smuts, formó el Partido Sudafricano, o SAP.

Ampliamente visto como muy conciliador con los británicos,[cita requerida] Botha enfrentó revueltas desde dentro de su propio partido y de la oposición del Partido Nacional de James Barry Munnik Hertzog.

Con el inicio de la Primera Guerra Mundial, Botha ofreció el respaldo de Sudáfrica a Gran Bretaña y lideró con éxito la campaña militar para tomar el África del Sudoeste Alemana , una impopular medida entre los bóeres, que provocó la Revuelta de los Bóer.

Allí adquirió una granja y contrajo matrimonio con Annie Emmett, descendiente de un patriota irlandés.