La trama sigue a dos adolescentes, Keith y Skye, en su lucha por la supervivencia en una isla desierta.
La interfaz de pantalla táctil es utilizada para los menús y la isla puede ser explorada e interaccionada usándola.
Lost in Blue no es un juego lineal en su gameplay y sus finales múltiples proporcionan una historia diferente casi cada vez que jugamos.
Pero algunos días no puedes explorar porque debes recoger comida, construir mobiliario, y más tareas.
La historia empieza con los protagonistas en un bonito barco cuándo una tormenta llega y les hunde.
Al día siguiente, Keith cruza un río cercano y encuentra a Skye dormida cerca de su balsa, la cual está aparentemente perfecta.
Cuándo Keith regresa a la guarida de los hostiles, descubre que están más vigilantes.