A diferencia del anterior, Lost Planet 2 está enfocado en el segmento multijugador, ya que incluso el modo Campaña puede ser jugado por cuatro jugadores en línea de forma cooperativa.

El planeta se ha estado descongelando producto de la acción del Proyecto Frontier, pero las nuevas condiciones climáticas están despertando comportamientos extraños en la población endógena del planeta, los Akrid, criaturas gigantes que guardan en su interior energía térmica (T-ENG), un combustible preciado para las colonias de piratas que habitan en el planeta.

La historia se comienza a desatar cuando NEVEC, una empresa que se instaló con intenciones de terraformar el planeta, comienza a conspirar contra todos los seres vivos de E.D.N.

El único personaje que retorna del juego anterior lo hace en forma de clon, el científico Ivan Solotov, cuyos genes han sido utilizados como prototipo por la empresa NEVEC para formar una cuadrilla de primera línea.

Solo puede ser utilizada en el modo multijugador y en la campaña luego de terminarla por primera vez.