Nacido en una familia de músicos, Johnson estudió violín y guitarra en su infancia, para dedicarse íntegramente a su carrera musical años más tarde.

Una gira musical por Inglaterra, en 1917, puede que le salvara la vida ya que a su regreso a Nueva Orleans, en 1919, la mayor parte de su familia había fallecido debido a la Gripe española de 1918.

En 1959, trabajaba en el Hotel Benjamin Franklin, en Filadelfia, conoció al Disc jockey Chris Albertson.

Lonnie Johnson tomo parte en giras musicales por Europa, además de grabar para el prestigioso sello discográfico Bluesville Records con Elmer Snowden y con su compañera vocal Victoria Spivey.

En 1997 ingresó a título póstumo en el 'Louisiana Blues Hall of Fame'.