En total se lanzaron ocho Little Joe para probar cápsulas Mercury en sendas misiones, denominadas LJ-1, LJ-6, LJ-1A, LJ-2, LJ-1B, LJ-5, LJ-5A y LJ-5B, respectivamente.
Durante los preparativos del primer vuelo, la torre de escape de la cápsula Mercury se disparó prematuramente, media hora antes del lanzamiento programado, debido a un error.
Debido a un retraso en la ignición del sistema de escape, la maniobra no tuvo lugar bajo la presión aerodinámica deseada, por lo que se planeó una repetición de la misma.
Segunda misión en transportar un animal, otro mono Rhesus, esta vez hembra, a la que se llamó Miss Sam.
A los 15,4 segundos del despegue, el cohete de escape se encendió prematuramente.
A los 19 segundos del despegue el cohete de escape se encendió prematuramente, al igual que en la misión previa.
Se envió un comando para utilizar los retrocohetes de la cápsula como medio de separación, maniobra que tuvo éxito pero que fue un tanto violenta, al producirse después de que el vehículo alcanzase su apogeo.
En el momento del lanzamiento, uno de los motores no se encendió hasta 4 segundos después del despegue, con lo que se produjo un cabeceo que llevó al vehículo a una trayectoria más baja que la planeada, alcanzándose sólo 4,5 km de altura y produciéndose presiones aerodinámicas superiores a las pretendidas para la prueba de separación, que fue un éxito.