Hacia el 2001 se incluyeron diversos cambios cosméticos al modelo, incluso un sistema de entretenimiento VHS fue una opción.

También cabe destacar que en esta generación el Ford Expedition y el Navigator eran modelos que por el exterior eran bastante similares pero por dentro, la firma se esforzó más por darle un ambiente más silencioso y con materiales de mejor calidad hasta que en 2002 sería reemplazado por una nueva generación.

Para 2003, se realizaron una serie de cambios y mejoras en el Navigator gracias a un rediseño completo.

Además del elegante diseño interior, había LED blancos, 120 en total, que proporcionaban retroiluminación para controles e interruptores.

Por otro lado, una fascia trasera actualizada presentaba luces traseras inspiradas en el Lincoln MKZ y molduras de cromo que se usaban más prominentemente a los lados del Navigator, incluyendo molduras cromadas en la parte inferior del cuerpo de las puertas.

Otro vídeo, Build Your Legacy[7]​ cuenta con la estrella del tennis Serena Williams.