[3]​[4]​ Igual que otros inhibidores del SGLT2 linagliptina puede causar efectos secundarios tales como acidosis, deshidratación, problemas renales, hipoglucemia especialmente cuando este tipo de medicamentos se combina con otros medicamentos recetados para tratar la diabetes, aumento del colesterol en la sangre e infecciones por hongos.

[5]​[6]​ Linagliptina es un inhibidor de la dipeptidil peptidasa-4 (DPP-4), enzima que degrada unas sustancias conocidas como incretinas, que son unas hormonas producidas en el intestino tras la ingesta de alimentos, y en particular dos tipos de incretinas específicos: el glucagon like peptide 1 (GLP-1) y el insulinotropic polypeptide (GIP).

Ambas hormonas incrementan la síntesis de insulina y su secreción por las células beta del páncreas cuando existen niveles normales o elevados de glucosa en sangre; por otra parte, GLP-1 también reduce la producción de glucagón por las células alfa del páncreas.

En contraste al otros DPP-4 inhibitores, linagliptina no se elimina vía excreción renal (máx.

"De igual forma, el riesgo de muerte fue tres veces mayor en el grupo que solo recibió insulina frente al que la recibió combinada con linagliptina."