Se otorgaron dos puntos por partido ganado y un punto por derrota, y para empate entre dos o más equipos se usó el "sistema olímpico", que consiste en tener en cuenta los resultados entre los equipos empatados, siendo favorable al equipo que resultó con mejor récord.
Con formato similar a la fase previa, los ocho equipos clasificados de la ronda preliminar se dividieron en dos grupos de cuatro equipos cada uno, también en sedes designadas.
Los ganadores avanzaron a la final por el título mientras que los perdedores definieron el tercer puesto.
Antes del comienzo de esta edición FIBA Américas decidió la suspensión de la confederación brasileña, impidiendo así que sus equipos participaran en los torneos internacionales y liberándose dos cupos.
[2] Además, el cupo correspondiente al campeón de la Liga Sudamericana de Clubes 2016 fue para el finalista argentino Bahía Basket, ya que el otro equipo, el Mogi das Cruzes, era brasileño.
[13][14] El MVP del Final Four fue Zachary Graham, de Guaros de Lara, quien en el cotejo final ante Weber Bahía convirtió 20 puntos y tomó 2 rebotes.