La Liga Nacional de Guatemala 1998/99 fue el cuadragésimo séptimo y último torneo de carácter anual a lo largo del fútbol guatemalteco de la Liga Nacional de Fútbol de Guatemala.
El campeón del torneo fue el Comunicaciones, consiguiendo su décimo séptimo título de liga.
[1] 17º Título Se tomó en cuenta la tabla acumulada, por lo que no hubo partidos por el descenso.