La temporada 1998-99 de la Liga Femenina fue la 35ª temporada de la liga femenina de baloncesto.
Los playoffs sirvieron a Pool Getafe quien ganó al Celta Banco Simeón en los playoffs 2–1.
[1][2] Fuente: FEBFinalizada la liga regular, tuvo lugar una fase de clasificación para los equipos del 5º al 10º para definir el representante español a la Copa Ronchetti.
Dicha fase se disputó entre 7 de marzo y el 4 de abril.
Fuente: FEBEl Pool Getafe desaparece al final de la temporada, siendo repescado para ocupar su plaza el Santana, de Linares.