Tiene equipos en todas las categorías desde los más pequeños hasta aficionados, tanto masculinos como femeninos.
En la temporada 2019-2020 abre la sección de Fútbol Sala Femenino que compite en liga federada.
Todos los equipos del Galáctico Pegaso pierden la categoría por lo que tienen que comenzar desde abajo, lo que hace que algunos jugadores de categorías superiores decidan abandonar el club, aunque otros muchos se mantienen en el mismo club El UD Tres Cantos, es fundado por D. Jesús Vaquero Carballo en 1987, bajo la denominación de Club Deportivo Islas, en la ciudad madrileña de Tres Cantos.
En la temporada 1999/2000, se produce la consolidación del club, al constituirse como entidad deportiva con la denominación de C.D.
Islas Tres Cantos, abandonando definitivamente la modalidad de Fútbol Sala en categorías superiores, y centrando su trabajo en el fútbol base en categorías Prebenjamín, Benjamín, Alevín e Infantil.
Para la temporada 2007/2008, se crean los dos primeros equipos, en categoría Infantil, compitiendo en la liga federada.
Muchas de sus jugadoras ya han disputado partidos con la Selección Madrileña, siendo pieza clave del combinado.
En la temporada 2012-2013, el UD Tres Cantos A disputa la 2.ª División Nacional femenina, después de haber conseguido el ascenso la campaña anterior.
El UD3C B consigue el ascenso a Preferente, después de haber quedado segundo en liga.
El UD3C B debuta en Preferente y el UD3C C, equipo de nueva creación, compite en Regional.
Sin perder nuca de vista la formación del balonmano tricantino, la sección contará además con un equipo puntero en 1.ª División Nacional masculina, tercera categoría en el balonmano nacional; un equipo que además de querer ser un espejo para el balonmano tricantino, buscará situar a Tres Cantos dentro del panorama deportivo español.
El sólido proyecto que defiende y llevará a cabo esta nueva sección, como ya lo viene haciendo la Unión Deportiva Tres Cantos desde sus inicios, no solo busca formar deportistas, sino además educar en valores y apoyar en la formación académica de los mismos; algo posible gracias a que la sección recibirá todo el apoyo de la Fundación Deporte Tres Cantos Solidario, de la que es patrono.
Esta nueva sección queda abierta a todo aquel que quiera practicar y vivir el balonmano en Tres Cantos; con equipos tanto masculinos como femeninos, que cubren desde los ocho a los diecisiete años.