La temporada 1998-99 de la Liga Femenina fue la 36ª temporada de la liga femenina de baloncesto.
Se inició el 20 de septiembre de 1998 y acabó el 1 de mayo de 1999.
Los playoffs sirvieron a Celta Banco Simeón quien ganó al Salamanca Halcón Viajes en los playoffs 2–0.
[1][2] Fuente: FEBEl Cajasur Linares es rechazado en la categoría para la siguiente temporada por no presentar los avales requeridos.