La temporada 1999-00 de la Liga Femenina fue la 37ª temporada de la liga femenina de baloncesto.
Se inició el 19 de septiembre de 1999 y acabó el 30 de abril de 2000.
Los playoffs sirvieron a Celta Banco Simeón quien ganó al Sandra Gran Canaria en los playoffs 2–1.
[1][2] Fuente: FEBEl Canoe renuncia a la categoría, ocupando su plaza el Linares después de recurrir su exclusión de la categoría para esta temporada.
El Universidad de Oviedo cede su plaza para la siguiente temporada al Vetusta, también de Oviedo.