Fue oficialmente excomulgado en 1953 por el papa Pío XII por rehusar someterse a la autoridad eclesial, pero sus seguidores sostienen que la excomunión no fue válida debido a que no se siguió el procedimiento correcto para ello.
Pero contrario a la percepción común, los problemas del Padre Feeney no comenzaron con el descubrimiento de la doctrina.
Desobedeció, por lo que fue llamado por el Arzobispo de Boston, Richard Cushing, para someterse a su autoridad.
Como consecuencia fue llamado por la Sagrada Congregación del Santo Oficio para comparecer ante ella.
Fue citado tres veces, y las tres veces desobedeció, pero debe no ser olvidado el hecho de que luego se reconcilió completamente con la Iglesia antes de su muerte sin cambiar su posición teológica.