[2]​[nota 1]​ Tuvo como hermanos a Alfredo, que nació tres años más tarde, en 1850,[7]​ y Salvador.

[13]​ Más tarde emigró a Alemania, donde estudió cristalografía junto a Paul von Groth,[24]​ en Estrasburgo,[nota 3]​ donde poco después fue nombrado director de trabajos prácticos de Cristalografía y Mineralogía.

[13]​ En esta estancia en ambos países también trabajó con Claude Bernard, Éleuthère Mascart o Felix Hoppe-Seyler.

[25]​ Calderón ideó un instrumento para estudios cristalográficos que tenía el nombre de «estauróscopo».

[44]​ Fue autor de Los explosivos y pólvoras sin humo, una obra que no llegó a ver publicada;[27]​ en este sentido se ha subrayado negativamente su no muy destacable actividad investigadora y que no tradujera obras foráneas, de hecho, según Francisco Javier Puerto, la historiografía conservadora le habría colgado la etiqueta de «divulgador», despreciando su labor científica.