En el año 2003 fue declarada área natural protegida y el 5 de junio de 2004, 40 hectáreas fueron declaradas también como sitio Ramsar en México.

Posee una zona de vegetación en sus proximidades en la que se encuentran diferentes especies, incluyendo sabino, sauce llorón y carrizo.

La fauna está compuesta por varias especies de aves, siendo importante reseñar que la laguna constituye el único hábitat conocido de una especie de salamandra denominada Ambystoma andersoni, un pequeño crustáceo Cambarellus zacapuensis y de un par de pequeños peces: Allotoca zacapuensis y Notropis grandis.

Este espacio natural está incluido en la lista Ramsar de humedales de importancia internacional.

[1]​[2]​[3]​ Las especies más representativas de flora y fauna en la laguna son:[4]​