Ambientada en 1964 en una iglesia católica en el Bronx, la película comienza con el padre Flynn (Philip Seymour Hoffman), dando un sermón sobre la naturaleza de la duda, señalando que, como la fe, puede ser una fuerza unificadora.
Las cuestiona sobre si alguien ha observado un comportamiento inusual del padre Flynn para dar motivo al sermón, y les encarga estar alerta sobre algo raro que vean.
Cierta vez, durante su clase, le piden a Donald que vea al Padre en la Rectoría.
Cuando regresa, Donald está angustiado y la hermana James detecta un olor a alcohol en su aliento.
Más tarde, mientras sus estudiantes están aprendiendo un baile, ella ve al padre Flynn poner una camiseta blanca en el casillero de Donald.
Inicialmente, la hermana James se convence de la inocencia del padre Flynn, pero la hermana Aloysius no opina de la misma manera y sigue creyendo que hay algo inusual en esa relación.
Más tarde la hermana James se enfrenta al padre Flynn y le habla acerca de la camiseta que vio guardar en la taquilla de Donald, detalle que no reveló a la hermana Aloysius.
Miller (Viola Davis) le contesta sorpresivamente que debería dejar pasar el asunto pues todo terminará cuando su hijo vaya al instituto.
Incapaz de hacer frente a la voluntad y determinación por destruirlo, él cede.
La revista Salon declaró que, en su representación de la señora Miller, actuó con «un nivel casi milagroso de credibilidad [...] Davis, en su pequeño papel, una sola escena, es increíblemente conmovedora; apenas puedo recordar una actuación suya que no me haya conmovido; representa a su personaje, una mujer ansiosa y trabajadora que únicamente está tratando de mantener unida y estable a su familia; no es una fuente de emociones sino que, más bien, se guarda todo adentro y no nos permite entrar».