En el municipio y la cabecera municipal hubo antiguos asentamientos prehispánicos.
En 1821, Zapaluta y Comitán proclamaron la independencia de Chiapas, como consta en el acta respectiva.
Desde hace mucho tiempo La Trinitaria ha sido la aduana fronteriza de Comitán.
En 1883 fue otra vez parte de Comitán y se dividió en 12 departamentos.
En tiempos prehispánicos, el nombre original de la antigua ciudad amerindia, que hoy se denomina Chincultik, era Zapaluta (que en nahoa significa Caminos de enanos).
En 1911, el gobernador chiapaneco Flavio Guillén decretó que la futura cabecera municipal se llamara La Trinitaria por la feria anual en honor al Santo Patrono del Pueblo, la Santísima Trinidad, tan famosa en la región.
Actualmente, los tojolabales le denominan al municipio, "Tierra de plátanos".
La red carretera del municipio representa el 16,4% de la región económica chiapaneca III Fronteriza.