[4]​ La primera referencia segura a esta obra en España es la que hizo en el siglo XVIII el historiador Antonio Ponz en su Viage de España,[5]​ aunque su entrada al país, y en particular a las colecciones reales españolas, debió de producirse tiempo atrás, puesto que parece que en las primeras décadas del siglo XVII ya se encontraba en España.

[14]​ En cualquier caso, por su ejecución esmerada y factura muy cuidada, la obra del Prado no puede ser considerada como una simple y rutinaria copia de taller,[16]​ a pesar de las diferentes calidades entre la original y esta, la cual, no obstante, presenta la singularidad de no intentar hacerse pasar por La Gioconda del maestro.

[23]​ Hay varias referencias donde aparece la obra antes de que fuera destinada al Museo del Prado,[8]​[24]​ cuando aún era propiedad real.

[25]​ También aparece en 1793 citada por el historiador ilustrado Antonio Ponz en su Viage de España (volumen VI, pág.

[25]​ Posiblemente continúa en el Palacio de Oriente hasta su traslado al Museo del Prado por real orden en 1819.

No eran pocos los visitantes que preguntaban por su ubicación en las salas del museo a los empleados de la institución;[28]​ e incluso, cuando por alguna circunstancia se había guardado, llegaban al museo cartas preguntado por el paradero de la Mona Lisa del Prado.

[26]​ Se entendía que era genuina del siglo XVI y figuraba reproducida en muchos libros sobre el museo, pero el hecho de que tuviese el fondo en penumbra, sin paisaje visible, la alejaba mucho del original de París y hacía pensar en un autor ajeno al círculo de Leonardo; tal vez flamenco.

[17]​ Este fondo en penumbra, agregado con posterioridad a 1750,[nota 7]​ llamaba la atención, dado que restaba a la obra parte de su atractivo y el original de Leonardo era ya por entonces muy prestigioso.

[10]​[17]​ Tal correlación en las correcciones es imposible en una copia posterior, ni siquiera en una falsificación, pues se entiende que ningún copista podría conocer el proceso creativo del maestro salvo que hubiese trabajado junto a él.

[21]​ Probablemente estas debieron desaparecer progresivamente del original, circunstancia que otorga más individualidad al cuadro del Prado, una menor idealización y, por tanto, un mayor carácter de retrato en sentido estricto.

Leonardo debía estar buscando otra cosa: es un retrato idealizado, no de una persona concreta.

[1]​[2]​ Los pigmentos oscurecidos, los barnices amarillentos y el craquelado de La Gioconda del Louvre contribuyen a aumentar más la edad que tenía en realidad la modelo, aunque se descarta una limpieza del cuadro en un futuro próximo por los riesgos que implicaría, dada su fragilidad.

[22]​ Según los expertos, este cuadro gemelo permite descifrar algunos de los misterios que rodean al original,[36]​[37]​ así como los métodos de trabajo llevados a cabo en la bottega de Leonardo —de los que únicamente se conocían datos por fuentes documentales—[38]​ y, sobre todo, mejorar la comprensión y apreciar detalles del cuadro original que habían pasado desapercibidos o cuya comprensión no era fácil.

[17]​ Este informe también reveló que el paisaje se conservaba aislado y protegido del repinte por una capa orgánica de barniz intermedia.

[10]​ Debido a la capa de pintura negra que ocultaba el paisaje, se creía que era una copia ajena al entorno de Leonardo;[22]​ si bien, realizada en el primer cuarto del siglo XVI.

[7]​ Las conclusiones del estudio técnico y la restauración llevadas a cabo por el Prado determinaron que la réplica de La Gioconda fue realizada en paralelo al retrato de Leonardo, que fue sumando los avances y correcciones del original.

[9]​ Por ello, las hipótesis sobre su autoría se han ceñido al círculo de discípulos que trabajaron con Leonardo en torno a las primeras décadas del siglo XVI.

No obstante, nombres como Boltraffio, Marco d'Oggiono o Ambroggio de Predis han sido rechazados por poseer una personalidad bien definida y raramente copiar las pinturas del maestro.

[11]​ Esta tesis se fundamenta, sobre todo, en las diferencias entre las calidades pictóricas de una y otra obra, así como en la ausencia del sfumato.

[42]​ Al igual que Vezzosi, Ana González Mozo considera la copia «una obra de alta calidad»,[1]​ realizada por «un pintor experto que sabía cómo trabajar con transparencias y dar una apariencia etérea a los pliegues del velo».

[7]​ En opinión de Marani, La Gioconda del Prado se trata de «una obra demasiado académica, en la que Leonardo no ha metido la mano, es decir, es una copia en la que no hay ninguna invención o aportación del artista, pero muy importante porque está hecha en el taller de Leonardo, desarrollada junto a la elaboración del original».

Para ello se apoya en la presencia en la copia de la Mona Lisa del dibujo autógrafo de Leonardo, Masa rocosa, que data del año 1508, fecha en la que Yáñez de la Almedina estaba trabajando en Valencia y no en Italia,[49]​ aunque supondría una razón para que la pintura se hubiese encontrado en España desde fecha tan temprana.