Los cuatro equipos mejor clasificados en ella disputaron el play-off por el título nacional.

Al término de la temporada regular los equipos con mejores balances jugaron el play-off por la primera posición y, por lo tanto, por el ascenso a la LNFA Elite.

Los campeones y subcampeones de conferencia se clasifican para los playoffs que deciden la incorporación a la LNFA Elite.

La Conferencia Sur también pasa de tener cinco equipos en la temporada 2012 a tener solamente tres, ya que Alicante Sharks y Cehegín Wolves abandonan la LNFA.

La Conferencia Este solamente mantiene dos equipos de la temporada 2012, ya que Valencia Giants se incorpora a la LNFA Elite en sustitución de Barberá Rookies mientras que Museros Bous y Terrassa Reds abandonan la LNFA.