La Línea 2 se unía a la ya existente Línea 1 en la estación de San Ignazio, y desde dicha estación en adelante funcionaban las dos líneas de metro, formando un tronco común desde San Ignazio hasta Bolueta.

Hoy en día las unidades de las dos líneas pueden tener como destino tanto Etxebarri como Basauri.

[2]​ Inicialmente, se pensó operar en un único andén hasta la entrada en funcionamiento de la siguiente estación, Basauri, donde sí será posible el cambio de vías.

Para el momento previsto para la apertura de Ariz sólo había una única vía instalada, sin embargo, la marcha de los trabajos para instalar la segunda vía se adelantaron, y se decidió operar en los dos andenes, aun sin el cambio de vías posible.

Así, si en un principio se pensó en fijar en 10 minutos la frecuencia máxima de las unidades en la estación de Ariz, se pudo dividir a la mitad, al utilizar ambos andenes.