Los inuits pronunciaban esta frase para darles la bienvenida a los comerciantes de pieles.

En 1979, el topónimo primitivo fue reemplazado por el término inuktitut "Kuujjuaq", que significa "gran río".

[3]​ La expresión hace referencia al río Koksoak (forma antigua de la palabra "Kuujjuaq") que bordea el pueblo.

En 1942, las Fuerzas armadas estadounidenses establecen la base Crystal 1 en el lugar actual del pueblo de Kuujjuaq.

En 1948, en pleno crecimiento del pueblo, se establece una misión católica, a la que siguieron un puesto médico, una escuela y una estación meteorológica.