Estudió historia, filosofía y lenguas románicas en la Universidad Jagellónica y también filosofía, lengua y literatura francesa en la École Pratique Des Hautes Études de la Sorbona.

Se graduó en dirección en Ludwik Solski Academy for the Dramatic Arts en 1993.

Warlikowski dirigió sus primeras producciones en el Teatr Stary (antiguo teatro) en Cracovia, donde montó Heinrich von Kleist's Markiza O.

Es director artístico de Teatr Nowy (New Theatre), fundada en Varsovia en 2008.

Warlikowski está casado con la escenógrafa y vestuarista polaca Małgorzata Szczęśniak.