Kotobukiya fue fundada por Jusaburo Shimizu en 1947 como una simple tienda de muñecas.

Sin embargo, en 1951, Shimizu se asoció con sus dos hermanos para refundar la compañía, aunque esta vez como una sociedad de responsabilidad limitada.

Sin embargo, la compañía no adquiriría su nombre actual hasta 1981.

Posteriormente, la compañía se convirtió en la primera empresa ajena a Bandai que obtuvo la licencia de productos Gundam, con Mobile Suit Zeta Gundam THE-O mecha.

[1]​ La compañía aún posee varias tiendas minoristas en Japón, concretamente en las ciudades de Tachikawa, Akihabara (ambas en Tokio) y Nipponbashi (en Osaka), en las cuales se celebran anualmente concursos de pintura y escultura.