[2][3] Las mejoras hechas por Mullis permitieron convertir a la PCR en una técnica central en bioquímica y biología molecular, descrita por The New York Times como "altamente original y significativo, virtualmente dividiendo la biología en dos épocas de antes de P.C.R.
[10] Todas estas posturas le valieron críticas del The New York Times.
En 1979 fue contratado por la compañía californiana Cetus Corporation, donde trabajaba con oligonucleótidos (moléculas cortas de ADN o ARN).
La secuenciación genética era hasta entonces un proceso muy complicado, aplicable solo cuando se podían obtener de manera natural muchas copias del mismo ADN.
Mullis dijo que la búsqueda interminable de más subvenciones y la permanencia en dogmas establecidos ha hecho daño a la ciencia.
[13] En su autobiografía de 1998, Mullis expresó su desacuerdo con la evidencia científica que apoya el cambio climático y el agotamiento de ozono, la evidencia que el VIH causa el sida y afirmó su creencia en la astrología.
[4] Mullis ha creado controversia por su asociación con el prominente negacionista del sida Peter Duesberg[5] y afirmó que el sida es un diagnóstico arbitrario usado únicamente cuando se encuentran anticuerpos contra el VIH en la sangre de un paciente.