Al año siguiente de la epidemia se anunció un concurso para el proyecto de la iglesia que fue adjudicado a Johann Bernhard Fischer von Erlach.La iglesia constituye una obra maestra del eclecticismo barroco, en el que se combinan diferentes estilos: la fachada central representa un pórtico griego, las columnas a su lado son de inspiración barroca y sobre la entrada domina una gigantesca cúpula.Los dos pabellones laterales muestran influencias del barroco romano y decoración oriental.[1] El altar mayor en el que participaron Alberto Camesina y Ferdinand Maxmilián Brokoff, presenta un relieve de estuco con San Carlos sobre una nube, ascendiendo a los cielos.Los pabellones que conducen a las entradas laterales tienen decoración de influencia china.
Fresco de la cúpula:
La intercesión de San Carlos Borromeo ayudado por la Virgen
, de
Rottmayr
.
