Posteriormente, el prosiguió sus estudios en Viena (1856-1857), Berlín y Gotinga.

Durante este periodo fue estudiante de Emil Du Bois-Reymond y Johannes Peter Müller.

En 1858 retorno a Tartu donde trabajó como prosector hasta 1865.

Kupffer es conocido principalmente por su trabajo en el campo de la histología, anatomía y embriología.

En 1898 el patólogo polaco Tadeusz Browicz (1847-1928) las identificó correctamente como macrófagos.