Este último coloca allí a Lobsang Gyatso, el5º Dalai Lama , líder de Gelugpa, como líder religioso, y así termina el período Phagmodrupa (1351-1642) y comienza el de Ganden Phodrang (1642-1959).
Continuó controlando política y militarmente el Tíbet central hasta 1718, cuando los Khoshuts fueron derrotados por los zungaros.
“A través de sus posesiones en Asia Central, China, situada en el extremo del continente asiático, donde ha envejecido aislada por más de cuatro mil años, como en un mundo aparte, toca el imperio de Rusia, nacido de ayer y que podría ya la invaden; por su soberanía sobre el Tíbet, limita con las posesiones del Imperio Británico: dos barrios más peligrosos para ella, nación industriosa y rica, que todas las hordas tártaras contra las que en otro tiempo levantó esta famosa muralla de quinientas leguas de largo, que se volvería impotente frente a la codicia civilizada de sus nuevos vecinos.
Con Güshi Khan como un señor supremo en gran medida no involucrado el Dalai Lama y sus colegas establecieron un organismo gubernamental civil denominado Ganden Phodrang.
Los Zungaros fueron a su vez expulsados por las fuerzas de expedición de la dinastía Qing del Tíbet, en 1720 y el Tíbet se unificó con la China Qing.