Estudió teología en la Universidad de Helmstedt, donde fue un alumno de Heinrich Philipp Konrad Henke.
Desde 1795 a 1805, trabajó como profesor particular para una familia de Hamburgo.
En 1805, se convirtió en repetent en la Universidad de Gotinga con su tesis doctoral titulada Graecorum mysteriis religioni non obtrudendis.
En 1830, Wegscheider, junto con su colega Wilhelm Gesenius, fue amenazado con ser destituido por racionalismo, y aunque conservó su cargo, perdió su influencia.
A Dictionary of Arts, Sciences, Literature, and General information (en inglés) (11.ª edición).