Como representante de la Nueva Educación, viajaba mucho con sus estudiantes, volviéndose impopular entre sus colegas conservadores.
Después de su cátedra, Schäffer se dedicó a la micología, la escritura y la pintura, ayudado por su esposa.
Gracias a su pasión, mantuvo correspondencia con otros micólogos como Hans Haas, Adalbert Ricken y Albert Pilát.
Más tarde, revisó el género en la serie Die Pilze Mitteleuropas (1926–1967); donde sus notas se publicaron en 1952, póstumamente por su esposa Liesel, con la ayuda de otros micólogos.
[4] Durante una excursión con los alumnos, Julius Schäffer y su esposa encontraron en el otoño de 1944 grandes cantidades de Paxillus involutus, setas todavía apreciadas en ese momento, desconociéndose que consumidas en gran cantidad o frecuentemente son venenosas.