Se sintió atraído por la anatomía, y en especial por las tendencias marcadas por los anatomistas Rafael Martínez Molina y Juan Fourquet, que unificaban puntos de vista clásicos con la incorporación de técnicas de microscopía.
Ganó un puesto como alumno interno en esta universidad en 1856, y en 1860 adquirió en grado de doctor.
Permaneció en este puesto hasta el momento de su jubilación.
[4] También se le conoce por la biografía de Santiago Ramón y Cajal, existiendo entre ambos grandes diferencias.
Estos episodios tienen lugar en un momento en que Calleja abandona la docencia y la investigación por la gestión universitaria, adquiriendo, por su poder y formas personales de realizar sus gestiones la reputación de "cacique".