En sus siguientes dos temporadas, Bonetto consiguió la titularidad, superando los 20 partidos en cada torneo, además de convertir un gol como mínimo en dichas competencias.
Sus buenas actuaciones lograron que se convierta en refuerzo de Alvarado, equipo importante del Torneo Federal A.
Durante su estadía, convirtió 3 goles en 27 partidos y fue parte del plantel que logró el ascenso a la Primera Nacional, segunda categoría del fútbol argentino.
A pesar del ascenso, Bonetto siguió su carrera en otro club, Guillermo Brown.
En 2021, Julián Bonetto se convierte en jugador de Quilmes a préstamo por un año.