Era hermano menor del también futbolista Gabriel Alonso, cuatro años mayor que él.
Militó en el Real Madrid durante trece temporadas -1949 a 1962- donde forjó una carrera plagada de éxitos.
Durante tres de esas temporadas (1951-54) compartió vestuario con su hermano mayor Gabriel, que jugaba en defensa.
Esa temporada Juanito Alonso obtuvo además el único Trofeo Zamora de su carrera.
Su leyenda cobró mayor importancia sin embargo por su participación directa en las primeras Copas de Europa del Real Madrid.
Tras su baja, Juanito Alonso estuvo prácticamente un año inactivo debido a esta dolencia, ya que aunque aparentemente no revestía nada de gravedad, no consiguió que la mutualidad deportiva le autorizara para seguir jugando.
Un encontronazo contra Adelardo le causó una rotura de clavícula y otra baja prolongada.
Juanito Alonso puso fin a su carrera oficial con el Real Madrid al finalizar la temporada 1961-62.
Durante su último año reforzó el AD Plus Ultra, equipo filial que jugaba en Segunda División.
En la Selección, porteros como Ignacio Eizaguirre, Carmelo o Ramallets le frenaron el camino a la titularidad.
Tan sólo jugó con España dos veces, sendos amistosos ante Irlanda del Norte e Italia en 1958 y 1959.