En 1801, designado su padre Virrey del Río de la Plata, se trasladó a Buenos Aires.

Juana tenía entonces 17 años y Bernardino Rivadavia, 23, con anuencia del padre, ambos se comprometieron, el noviazgo duró seis años y el ex virrey murió antes de llevarse a cabo el matrimonio.

Entonces decidió recurrir al Director Juan Martín de Pueyrredon para que dejase sin efecto la misión del marido, pero no tuvo éxito.

Además le recortaron la pensión que recibía como esposa de funcionario trabajando en el exterior.

Juana trabajó mucho en esa sociedad pero su esposo no le permitió que figurase en la primera comisión.

[1]​[5]​ Después de la caída del régimen presidencial unitario, Juana y su familia vivieron una etapa de relativa paz hogareña hasta que en 1829, Bernardino Rivadavia se vio obligado a embarcarse nuevamente, esta vez con la familia, rumbo al exilio en España.

Regresó a la Argentina en 1834, pero el gobernador de Buenos Aires, Juan José Viamonte, no le permitió desembarcar, motivo por el cual se estableció primero en Mercedes (Soriano, Uruguay) y luego en Colonia (Uruguay).