Juana solo tuvo un hermano mayor, Guilherme, que murió en 1482, y fue la única hija del marqués Filipe de Hachberg-Sausenberg y Maria de Saboya.

También reclamó el estado de Baden, sin embargo, bajo voluntad mutua (confirmada en 1499 por el emperador Maximiliano I), el marqués Felipe y el marqués Cristóbal de Baden habían acordado que quien viviera más tiempo heredaría las propiedades del otro en Baden.

En 1512, Neuchâtel fue ocupada por la Antigua Confederación Suiza, debido a la posición política favorable de Luis a Francia, que se consideraba una amenaza para la seguridad de la organización.

La condesa participó en negociaciones con los cantones suizos para poner fin a la ocupación y acceder al país.

Otras tierras reclamadas por la condesa fueron las del Principado de Orange.