Su álbum debut, Rara, fue producido por Gustavo Santaolalla y fue editado en 1996, recibiendo críticas negativas en los medios locales, que resentían su salida de la televisión.

[8]​ La carrera musical de Juana Molina se remonta a sus primeros años con la guitarra.

Me pasaba semanas jugando las mismas notas o pocos acordes, entraba en un trance.

Pero no tenía la confianza necesaria para dejarlos que se expresaran por ellos mismos.

Hizo papeles importantes y ganó notoriedad junto a Antonio Gasalla en programas de TV conducidos por el cómico.

El álbum fue grabado solo con una guitarra acústica y un teclado, generando una atmósfera folk.

El primer corte de difusión, "Sólo en sueños", fue el único tema del álbum que tuvo un videoclip.

La dirección del video estuvo a cargo de Eduardo Capilla y Mariano Galperin.

Compró las copias de Rara que MCA nunca había distribuido y se fue a Los Ángeles con su hija y marido, donde unos amigos le habían dicho que las canciones de Rara estaban siendo muy difundidas en una radio.

[cita requerida] Durante su tiempo en Los Ángeles, se familiarizó con los teclados, sintetizadores y efectos de distorsión.

Juana eligió grabar sin banda, sola en su casa, con sus máquinas, teclados y guitarras.

Creo que nunca voy a hacer nada muy distinto o que no tenga una coherencia con 'Segundo'" Ese mismo año, en abril comenzó un programa en la radio Supernova, la FM de Radio Nacional.

Segundo, fue nominado "Best World Music Album 2003" de la revista Entertainment Weekly.

El disco Tres Cosas pasó nuevamente casi desapercibido en Argentina hasta que, hacia fines de 2004, el crítico musical Jon Pareles, para The New York Times, incluyó Tres Cosas en su lista de los 10 mejores discos del año junto con artistas internacionales como U2, Björk, Green Day y Brian Wilson.

Juana Molina no oculta su indignación por tales críticos y cuando se le preguntó sobre el cambio de opinión, dijo, "Uno de ellos escribió una buena crítica y luego todos lo siguieron, como hacen.

En 2005, recibió el Premio Konex - "Diploma al Mérito como cantante femenina de rock".

Consta de doce canciones compuestas, mezcladas, grabadas y producidas por Juana Molina.

Juana Molina volvió a salir de gira promoviendo el disco por Argentina, Chile, Estados Unidos, Europa y Asia.

Asimismo, el arte del CD no contiene las letras, sino casi únicamente un juego de fotos en espejo en un formato desplegable.

Combina voces vanguardistas, guitarras en bucley percusiones hipnóticas con las atmósferas de Portishead y My Bloody Valentine.

[cita requerida] Molina deja en claro su gran admiración por la poeta uruguaya Marosa di Giorgio, a quien le dedica la pieza central del disco, "Los hongos de Marosa", construida sobre armonías asimétricas, teclados envolventes y texturas de Medio Oriente.

Molina logró un material muy arriesgado con melodías casi tan accesibles como las del pop convencional.

En el show tocaron juntas un tema de Led Zeppelin, "Whole Lotta Love".

En el videoclip, Molina aparece cantando partes del tema en un parque entre árboles y se mezcla con imágenes de la película.

[22]​[23]​ En 2015 obtiene su segundo Premio Konex - Diploma al Mérito esta vez en la disciplina Solista Femenina de Pop.