Al principio sus intervenciones en el concilio se refirieron al tema de las anatas (que propuso eliminar), al de los husitas (sobre la communio sub utroque specie -"comunión bajo ambas especies"-) y a la unidad con la iglesia ortodoxa.

Posteriormente su posición se radicalizó, convirtiéndose en una de las principales figuras del bando "revolucionario" del concilio, que no aceptó la orden papal de trasladarse a Ferrara y a Florencia, y siguió reuniéndose en Basilea.

Desposeído de todos sus beneficios eclesiásticos, en compensación fue nombrado obispo por su enemigo Eugenio IV, que le fue asignando sedes menores (Saint-Paul-Trois-Châteaux, Saint-Jean-de-Maurienne) para finalmente relegarle a la sede teórica de Cesarea[7]​ (1453).

[10]​[11]​ Su obra literaria más importante es una extensa historia del concilio de Basilea (Historia gestorum generalis synodi basiliensis)[12]​ escrita entre 1449 y 1453.

[13]​ También escribió un tratado apoyando el dogma de la Inmaculada Concepción (Bruselas, 1664), una refutación del Corán (De mittendo gladio in Saracenos), una defensa de la cláusula Filioque contra la iglesia ortodoxa (De processu Spiritus Sancti, Basilea, 1476), una concordancia bíblica[14]​ (Concordantiae biblicae vocum indeclinabilium, Basilea, 1476) y algunas obras en defensa del conciliarismo.