Sin embargo, el prepósito general Mutio o Mucio Vitelleschi apreció que no valía demasiado para las cosas de gobierno y ordenó relevarlo.
Pero seguía encontrando oposición también en estas labores: no gustó lo que construyó en la iglesia del colegio de Guadix y Vitelleschi ordenó derribarlo y Santibáñez fue reprendido por haber decidido sin consultar ni pedir licencia.
[1] Desde 1629 o 1630 fue confesor y director espiritual del general de la Armada del Océano, Fadrique de Toledo y Osorio, encargada de acabar con la piratería francesa e inglesa en las Antillas, pero además predicó a marineros y soldados.
[1] En Granada aparecía en los catálogos en 1635 como “historicus provinciae” y por sus manos pasaron diferentes fuentes históricas sobre jesuitas andaluces: la de Martín de Roa, por ejemplo.
Santibáñez investigó además la historia de los jesuitas en Andalucía en los archivos y bibliotecas de los distintos colegios, y solicitó información oral entre los jesuitas ancianos.