Llegó a Costa Rica con su familia en 1577 y posteriormente fue nombrado alcalde ordinario de la ciudad de Cartago.
Se casó con Sabina de Sojo y Artieda, una hermana del gobernador costarricense Diego de Artieda Chirino y Uclés, con quien tuvo por lo menos a un hijo llamado Diego de Sojo y Peñaranda quien sería el fundador de la ciudad de Santiago de Talamanca en 1605.
Se mantuvo en ese destino a pesar de la suspensión y la muerte de Artieda Chirino.
En octubre de 1590 entregó el gobierno al juez de comisión y gobernador interino Juan Velázquez Ramiro de Logrosán.
Finalmente Juan de Peñaranda falleció en la ciudad costarricense de Cartago a principios del siglo XVII.