Los corsarios abordaron el Santiago y asesinaron a los 40 misioneros jesuitas, principalmente portugueses y españoles, que iban en el barco, incluyendo entre ellos a Ignacio Azevedo, al propio Juan de Mayorga y a su paisano navarro Esteban de Zudaire.
Mayorga fue herido por los corsarios y lanzado por la borda, muriendo ahogado.
En el caso particular de Mayorga, tras difundirse la noticia de su martirio, sus cuadros fueron guardados como reliquias en Zaragoza y también en Madeira, donde había pasado la expedición y el pintor había pintado alguna obra.
En su localidad natal se guarda bastante recuerdo de este personaje.
Un colegio católico de la localidad lleva su nombre, se conserva todavía su casa natal, una asociación local lleva su nombre, etc.