Participó en numerosos viajes de exploración a las costas sudamericanas, en una operación anfibia contra las costas marroquíes y en varias expediciones a la India.
Algunos autores afirman que pudo participar en la expedición portuguesa de 1501 a Brasil capitaneada por Gonçalo Coelho.
Navegó a la India portuguesa en 1518, en la armada que llevó al gobernador Diogo Lopes de Sequeira.
Todo indica que realizó otros viajes al mismo destino entre 1521 y 1525.
Juan de Lisboa explicó en detalle la cuestión de la declinación magnética y explicó cómo utilizarla para determinar la longitud geográfica, una noción que hoy se sabe es errónea pero que en su tiempo se consideró válida, hasta al menos 1538.