Juan Zoilo Acuña[1]​ fue un médico, funcionario y legislador argentino del siglo XIX.

Tras recibirse prestó servicios en el Hospital de Niños.

Durante la última rebelión jordanista sirvió en el cuerpo médico del ejército nacional en operaciones en la provincia de Entre Ríos.

Al estalla la revolución de 1880 sirvió en el ejército nacional contra las tropas rebeldes de Buenos Aires.

Fue ministro interino de Hacienda, diputado nacional (1894), médico del Departamento nacional del trabajo y de los tribunales, director general de Escuelas y Vocal del Consejo General de Educación.