Se le conoce principalmente por su obra profana compuesta de villancicos, canciones y sonetos (madrigales) y por la única obra religiosas que ha llegado hasta nosotros: su monumental Agenda defunctorum.

Se sabe que nació en Badajoz en la primera década del siglo XVI, pero se ignora la fecha exacta de su nacimiento y todo lo referente a su familia y formación musical.

En el verano de 1538, Juan Vásquez, abandona su ciudad natal, a donde no volvería hasta 1545.

Su nombre no figura en las listas de cantores de la capilla ni en Toledo ni en Arévalo, que fueron lugares a los que se desplazó la capilla del arzobispo a continuación.

Sin embargo se desconoce el lugar y la fecha en la que recibió la orden del presbiterado.

En Sevilla su vida discurrió en el seno de un ambiente refinado y aristocrático, entablando contacto con músicos tan importantes como Francisco Guerrero, Cristóbal de Morales, Juan Navarro o Juan Bermudo.

En 1556 publica en Sevilla su "Agenda defunctorum", donde aparece al servicio de Juan Bravo.

Otros, por el contrario, se basan en textos poéticos y refranes de carácter popular.

Además, gran parte de sus villancicos están construidos sobre melodías populares.

De estas piezas, 7 son reimpresiones y 3 han sido reescritas.

La "Agenda defunctorum" es la única obra sacra de Juan Vásquez que ha llegado hasta nosotros.

Además, es la obra más completa de este género entre todas las compuestas por los polifonistas del Renacimiento.

Todas las piezas, a excepción de las lecciones, incluyen junto con la polifonía, la correspondiente melodía gregoriana.

Por ejemplo, la pieza Quién me otorgase señora fue publicada por Valderrábano 13 años antes (1547) que por Vásquez (1560).

A continuación se detallan todas las obras conocidas de Juan Vásquez.