Herrera permaneció dos años en Real Santander, en los cuales anotó 14 goles en 49 partidos.
En la fecha 7 del torneo, Herrera hizo su debut como goleador en primera división anotándole un doblete a Patriotas Boyacá con el cual su equipo ganó el partido 4-0.
Tras cinco temporadas en Alianza Petrolera, en las cuales consiguió 20 goles en 57 partidos, Juan Sebastián Herrera fue transferido al Barranquilla FC, equipo filial de Atlético Junior.
En ese tiempo convirtió 14 goles y sus destacadas actuaciones llamaron la atención del cuerpo técnico de Junior, que decidió contar con él para el segundo semestre de 2017.
Después de su buen debut sólo consiguió ser titular en un partido más, jugando 61 minutos en el empate 2-2 entre Junior y Tolima.