Publicó historietas en las revistas Orsai, Fierro, Suda Mery K y Lule Le Lele, entre otras.
Sus primeras influencias fueron Tin Tín y Milo Manara, y considera a su padre como su único maestro, ya que le enseñó a ver la realidad con los ojos de un dibujante.
En 2004, Juan viaja al Festival Angoulême de Francia donde es rechazado en varias editoriales hasta ser referido a Carlos Trillo, con quien publicó su primer trabajo profesional, Sarna, tanto en Argentina como en Francia.
[4] Desde 2006 comienza a colaborar con Pablo De Santis haciendo historietas autoconclusivas en la revista Fierro (segunda etapa) para luego realizar la serie El Hipnotizador, que en 2015 sería adaptada a una producción de HBO Latinoamérica y ya lleva dos temporadas.
[6] En 2013 publicó su primera obra larga como autor integral, Norton Gutiérrez y el collar de Emma Tzampak, en España bajo la editorial Bang!
En 2020 publicó dos libros: Conjuntivitis: Fanzines 2008-2020 (Tren en Movimiento) y Juan Sáenz Valiente: El comics (Historieteca).
En 2021, Sáenz Valiente comenzaría a firmar sus obras bajo un pseudónimo, Juanungo, justificando su implementación como necesaria para que editores franceses dejaran de escribir incorrectamente su nombre en afiches publicitarios.
En 2008 salió publicado por la Editorial Domus su primer compilado de historias cortas, Sigilo.
Publicó historietas en la revista Fierro (segunda etapa), donde resalta su trabajo con Pablo De Santis.
También en 2010 se publica su segundo recopilatorio de historias cortas, Matufia, por la editorial +INFO.
Según el autor, es más recomendable la segunda edición de la editorial Agua Negra publicada en 2017.
Ese mismo año también autoedita dos libros: Me estoy quedando pelado y Un Perro con Sombrero (con guiones de Alfredo Casero), que recopila las historietas publicadas en la revista Orsai.
[18] En 2019 se publica Norton Gutiérrez y el experimento del profesor Maglione por Hotel de las Ideas, en un formato similar a la entrega anterior.
[19] A principios del 2020 se publican en simultáneo Conjuntivitis: Fanzines 2008-2020 por Tren en Movimiento, y Juan Sáenz Valiente: El comics por Historieteca, ambas recopilaciones de trabajos previos (fanzines y webcomics, respectivamente).
[23] Respecto a la animación, Sáenz Valiente produjo Jubilados (2003), un cortometraje ganador del Concurso Internacional QuickFlick World en la categoría Frágil.
Con ellos realiza un videozine (fanzine en video) llamado 5 Puntos que publica en Youtube.
En el año 2013 es publicada su primera historieta larga como autor integral, Norton Gutiérrez et le coller d´Emma Tzampak, por Bang!
[29] Sarna (con guiones de Carlos Trillo) fue publicado por capítulos en la revista Blue (entre el #163 y #166) en 2005.
En 2010 expuso trabajos varios en la librería Canning House de Londres en la muestra Cómica Argentina- Juan Sáenz Valiente fue invitado a la FIDBA en Argel en 2012 y 2013.
En 2014 El Hipnotizador fue adaptado a obra de teatro por la compañía Vigor Mortis.