[5]​ Luego quedó en la suplencia en los cotejos por los cuartos de final frente a Carmelita, donde los manudos fueron eliminados.

[6]​ Para el certamen del Campeonato de Invierno 2013, Juan Pablo estuvo inscrito como futbolista en la categoría mayor, sin embargo no tuvo participación.

Su conjunto se coronó campeón tras vencer al Herediano en la tanda de penales.

El zaguero apareció en el once inicial de Óscar Ramírez, fue sustituido por el lateral Ronald Matarrita al minuto 55' y el resultado culminó en pérdida 1-2.

[9]​ En este torneo encontró buen ritmo al contabilizar cinco presencias con 406' minutos acumulados.

Sin embargo, una vez finalizada la competencia del Verano en la que su club quedó subcampeón por tercera vez consecutiva, se confirmó que el jugador dejaría la institución debido a sus intenciones de no renovar su contrato.

Además, fue confirmado que Juan sería cedido a préstamo una temporada en el conjunto de Belén.

[18]​ El conjunto florense finalizó la etapa de clasificación como líder invicto,[19]​ pero cedió en la cuadrangular y terminó disputando la gran final por el título que perdió ante Pérez Zeledón.

Portando la dorsal «66», jugó su primer partido oficial del Torneo de Clausura 2018 el 23 de enero contra Guadalupe (1-1) en el Estadio "Colleya" Fonseca, escenario donde marcó su primer gol con los florenses al minuto 2'.

[21]​ En esta campaña tuvo mayor regularidad al contabilizar veinte presencias y tres anotaciones realizadas.

Su equipo volvió a quedarse con el subcampeonato tras perder la gran final contra el Deportivo Saprissa.

[27]​ El Deportes Tolima no sostuvo la ventaja y cayó en penales en el duelo de vuelta.

[37]​ En esta temporada consolidó su puesto como defensor y alcanzó veinticinco partidos disputados en todas las competencias incluyendo la Copa Sudamericana.

[42]​ En esta temporada alcanzó 37 participaciones sumando la competencia de liga y torneo internacional.

[55]​[56]​ Ese mismo día se presentó la lesión del lateral Ronald Matarrita, por lo que el cuerpo técnico decidió reemplazarlo por Juan Pablo, haciéndose con un puesto en la convocatoria de último momento.

[66]​ Cuatro días después salió como titular contra Uzbekistán, disputando los 90 minutos en la dramática victoria 2-1.

[72]​ Cinco días después, Juan Pablo se enfrentó ante Ecuador como titular en el que disputó 75 minutos por la derrota 3-1.

[74]​ Cuatro días después, Juan Pablo se enfrentó ante El Salvador, disputando la totalidad de minutos por el empate 0-0.

[86]​[87]​ Tres días después, se mantuvo en la banca de suplencia contra Argentina por la derrota 3-1.