Fundó la ciudad de El Barco en 1550, a la que trasladó en dos oportunidades.

Su eficiente actuación en ese cargo le hizo ganar un buen prestigio.

En esa oportunidad, le reveló al gobernante interino peruano Pedro de la Gasca las estrategias militares que emplearía Gonzalo Pizarro en aquella batalla.

De La Plata fueron a Potosí, donde se le sumaron algunos otros hombres.

En una segunda tanda iría él y quedaría para una tercera tanda Juan de Santa Cruz, que saldría una vez que pudiera completar la cantidad de hombres necesarios.

Se seguiría la misma ruta que siguieron Diego de Almagro y Rojas.

Al ingresar en el actual territorio jujeño, Núñez de Prado tuvo que combatir a los indígenas omaguacas, después pasó a los Valles Calchaquíes donde fueron recibidos pacífica y amablemente por los naturales del lugar.

Luego siguieron y con numerosas dificultades penetraron en las sierras de Tucumán.

Aquella ciudad que se había fundado, representaba el primer asiento español en territorio tucumano.

Una vez instalados, Núñez junto a Martín de Rentería y Buenaventura Costilla efectuaron exploraciones por la zona.

Había para entonces en El Barco unos noventa españoles y todos firmaron por unanimidad.

Antes del traslado, hizo ejecutar en la horca al alcalde Hernán Cortés de Carvajal, quien se había rebelado porque no aceptaba esa mudanza.

Esta mudanza fue dura, debieron trasladar todos los enseres, algunos en caballos y otros sobre sus hombros.

Al regresar Núñez de Prado a la ciudad, también fue tomado prisionero y encadenado, enviado a Chile, junto con otros hombres, entre ellos Miguel de Ardiles y Garci Sánchez.

El Barco III fue mudada otra vez, a pocas leguas, y rebautizada con el nuevo nombre de «Santiago del Estero del Nuevo Maestrazgo», que es la actual ciudad argentina conocida como Santiago del Estero, la primera ciudad de fundación hispánica en suelo argentino que aún persiste.

Los historiadores dan varias versiones acerca de sus últimos años y su fallecimiento: Cuando fue enviado a conquistar el Tucumán, La Gasca lo calificó como varón prudente, justo y valeroso.

Christensen sostiene que una de las cosas más inexplicables es el empeño que demuestran algunos escritores en denigrar a Núñez de Prado, dando una interpretación capciosa y torcida a cuanto hacía.

En toda la documentación conocida se destacaba su figura como la de un hombre simpático y humanitario.

Hoy nos lo presentan los amigos de Aguirre como un hombre cruel y mal querido.

Así por ejemplo, Lima fue antes la ciudad de Los Reyes, la actual Sucre fue primero La Plata, luego Charcas y posteriormente Chuquisaca entre otros casos.

Todas esas ciudades nombradas conservaron a sus primitivos y respectivos fundadores.