[1]​ Fervoroso patriota, por su estado no tomó las armas pero con sus palabras arrastraba a las filas a los patriotas, estuvo dispuesto en defensa de los derechos de la patria.

En 1811, ayudó al patriota José María Bonilla, a reunir armas, hombres y dinero para la campaña libertadora del sur y allí siguió al ejército como capellán de los ejércitos de Caicedo y Cuero.

Los libros parroquiales de Bautismos, y matrimonios que debió llevar cuando ejercía su cargo en Caloto, se desaparecieron, nunca los llevó o fueron sustraídos por los realistas en la guerra de la Independencia esto porque no se tenían como defender a la ciudad del saqueo, robos y asesinatos.

Francisco J. Matiz, estudió y exploró los monumentos indígenas de San Agustín, exploró las selvas el Opón y San Martín enriqueciendo su herbario con plantas descubiertas por él.

Estableció en Bogotá un jardín botánico con plantas raras para esta altura y temperatura.