Con hijas: Tuvo además cuatro hijos extramoniales con Feliciana Ramírez Pacheco (fallecida el 21 de febrero de 1806): María del Pilar (soltera) n. Costa Rica, José Nicolás (nacido en 1802, Costa Rica y que aún vivía en 1883, casado con Feliciana Alvarado y Velasco), José Manuel (n. 1803 Costa Rica -1886, casado en 1825 con Rita Alvarado) y Juan Francisco de la Rosa Cañas Ramírez (nacido en 1805 Costa Rica).

De Nicolás queda copiosa descendencia en Costa Rica.

Su nieta Rafaela Contreras y Cañas, hija de Álvaro Contreras y Manuela Cañas Hidalgo, fue la primera esposa del poeta nicaragüense Rubén Darío.

Fue sargento mayor del Batallón Provincial y le correspondió dirigirlo durante su expedición a Nicaragua en 1812.

En 1820, al pasar Costa Rica a ser nuevamente un partido de la Provincia de Nicaragua y Costa Rica, Cañas Trujillo pasó a ser su jefe político subalterno, subordinado al jefe político superior residente en León de Nicaragua, Miguel González Saravia y Colarte.